»Den sorte død« (pesten) ramte også i Vendsyssel. Den havde krævet mange liv, og flere gårde var lagt øde. Men i 1400-årene begyndte befolkningstallet igen at stige.

Omkring Rubjerg Gl. Kirke (bygget ca. 1180), lå der i senmiddelalderen (1350-1536), flere større gårde og huse. En kilde fortæller, at der var 18 gårde. Præstegården lå sydvest for kirken. Man havde fældet skovene for at få plads til dyrkede marker, og græsning til husdyrhold.
Der var gode tider for landbruget, og driften blev i et vist omfang omstillet til animalsk produktion.

I kirken har der lydt katolske messer, og det er ikke sikkert, at bønderne har forstået meget af de ord, som blev sagt. Man skulle foruden skatter også betale tiende til kirken. Sådan var det helt frem til Reformationen i 1536.

Også på denne tid var kystnedbrydningen i gang og klinten rykkede hele tiden indad med ca. to meter om året. Nogle bønder har mistet noget af deres jord og huse har måttet flyttes.

Politisk var det kongen og adelen, der sad på magten. Danmark var i union med Norge og Sverige i den såkaldte Kalmar-union. Lokalt har organisationen været samlet i et landsbyfællesskab med et tingsted, hvor f.eks. jordfordeling og personsager blev afgjort.